Estniska Församlingen i Stockholm är medlem av Estniska evangelisk-lutherska kyrkan (på estniska: Eesti Evangeelne Luterlik Kirik, förkortat EELK) och grundades 1942 som den första estniska församlingen i Sverige. Efter 1944 års stora flyktingvågor, där esterna utgjorde den första stora flyktinggrupp som kom att stanna i Sverige, växte församlingen till flera tusen medlemmar. Idag är antalet medlemmar lägre men gudstjänst med nattvard firas regelbundet varannan söndag i Sankt Jacobs kyrka. *I samband med pågående renovering i Sankt Jacobs kyrka samlas vi t o m 16 november 2025 istället i Sankt Matteus Lillkyrka i Vasastan.*
Församlingens kansli finns i Estniska Huset på Wallingatan 34 (2 tr.), Stockholm, och håller öppet vardagar mellan kl 10 och 14. Andra tider möten enligt överenskommelse.